一、内设机构
办公室（党委办公室）
承担机关日常运转，承担文秘、信息、政务公开、会务、信访、机要保密、档案、值班值守、督查督办、税收宣传等工作，办理人大代表议案、建议和政协委员提案。承办党委文件、会议、督办等有关日常综合性事务。
法制科
承担依法行政工作；起草相关税种、社会保险费和非税收入综合性政策文件；承担规范性文件合法性审查工作；承担重大执法决定法制审核工作；组织协调重大税务案件审理；承担税务行政复议、行政应讼工作；组织实施税收、社会保险费和有关非税收入的执法督察；组织实施预算执行、基本建设、政府采购等内部财务审计和领导干部经济责任审计。
货物和劳务税科
组织实施增值税、消费税、车辆购置税等和进出口税收、国际税收的征收管理工作；对相关税种具体业务问题进行解释和处理；负责增值税发票管理和相关信息系统的推广应用及管理。
企业所得税科
组织实施企业所得税征收管理工作；对企业所得税具体业务问题进行解释和处理；组织实施反避税及与国际税收有关的风险管理工作；组织实施税收服务“一带一路”建设；承担外事管理。
个人所得税科
组织实施个人所得税征收管理工作；对个人所得税具体业务问题进行解释和处理。
财产和行为税科
组织实施房产税、城镇土地使用税、土地增值税、契税、城市维护建设税、印花税、资源税、环境保护税、车船税、耕地占用税和烟叶税等征收管理工作；对相关税种具体业务问题进行解释和处理。
社会保险费和非税收入科
组织实施基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费以及文化事业建设费、教育费附加和地方教育附加等有关非税收入的征收管理工作。
收入核算科
组织实施税收、社会保险费和有关非税收入规划；拟订出口退（免）税年度安排，组织实施免抵调库年度安排；组织实施税收收入的预测分析和重点税源监控管理工作；组织落实会统核算、缴库退库、票证管理等制度，实施会计监督。
纳税服务科
组织实施纳税服务工作；承担税法宣传、纳税辅导、咨询服务、办税服务和权益保护等工作；承担税收信用体系建设；组织办理纳税服务投诉；落实涉税专业服务监管政策及制度，协调社会化纳税服务。
征收管理科
组织实施税收征管法律、法规、规章及规范性文件；组织实施税务登记、纳税申报、普通发票管理等征管工作；承担征管质量监控评价；组织落实信息化建设工作。
税收经济分析科
组织实施税收经济分析工作制度，拟定具体实施办法；运用税收数据对本地区经济运行情况开展动态监控分析；组织开展税收政策效应分析工作。
财务管理科
组织实施预决算、基建、会计核算、财务内控和政府采购、固定资产等工作；承担税务着装管理工作；承担机关财务管理工作。
组织人事科
组织实施干部人事制度及人才队伍建设；承担人事、机构编制、干部考核、劳动工资、教育培训等工作；承担下一级领导班子及领导干部和优秀年轻干部的管理、监督等工作；监督检查干部人事规章制度执行情况；办理出国政审事项。
考核考评科
组织实施绩效管理和数字人事管理工作；承担年度绩效考评工作； 开展其他考核考评工作。
党建工作科
统筹和指导系统党群工作，宣传和执行党的路线方针政策，组织和指导系统巡察工作；统筹本系统思想政治建设、意识形态建设、税务文化建设、精神文明建设和统战工作；组织和指导系统巡察工作。
机关党委
负责机关和派出机构党群工作。
老干部科
负责老干部工作。
党委纪检组
承担党的纪律检查工作。
二、派出机构
第一税务分局（重点税源企业税收服务和管理局）
组织实施大企业税收服务和管理工作；承担“千户集团”企业名册管理、数据采集、风险应对工作；指导大企业完善税务风险防控体系；组织、协调、指导、考核本系统大企业税收服务和管理工作。
第二税务分局
组织实施车辆购置税的税源管理、纳税评估、日常检查、纳税服务等工作；承担车辆税收一体化管理工作；管理车辆购置税票证。
第三税务分局（税收风险管理局）
组织实施信息数据和风险管理工作；承办省税务局下发风险应对任务的整合和推送；承担各类税收数据、社会保险费和有关非税收入数据的集中管理与分析应用；组织、协调、指导、考核本系统风险管理工作。
稽查局
组织实施税务稽查法律法规、规章及规范性文件；承担案源管理、税务稽查、社会保险费和有关非税收入检查工作；组织查办督办税收重大违法案件；承担推行“双随机、一公开”监管工作；组织落实税务部门和公安部门联络机制。
第一稽查局
承担列名大企业的税务稽查、税收高风险事项应对和协查等工作；负责所辖区域（秦州区、秦安县、甘谷县、武山县）内税收、社会保险费和有关非税收入违法案件的查处以及查办案件的执行工作。
第二稽查局
承担列名大企业的税务稽查、税收高风险事项应对和协查等工作；负责所辖区域（麦积区、清水县、张家川回族自治县、天水经济技术开发区）内税收、社会保险费和有关非税收入违法案件的查处以及查办案件的执行工作。
三、事业单位
纳税服务中心（税收宣传中心）
负责12366纳税服务热线管理和平台运维工作；承担税收宣传工作；具体承办涉税舆情管理、政务公开工作；接受、转交纳税服务投诉和涉税违法举报。
信息中心
负责信息化建设的技术支持保障、税收管理信息系统运行维护、信息安全等工作；组织实施机关及本系统信息安全管理。
机关服务中心
负责机关后勤事务管理、保障和服务工作；指导本系统后勤服务工作。