内设机构
办公室（党委办公室）
主要职责：承担机关日常运转，承担文秘、信息、政务公开、会务、信访、机要保密、档案、督查督办等工作。
法制科
主要职责：组织实施依法行政工作；承担涉及多个税种、社会保险费和有关非税收入综合性政策文件办理；承担规范性文件合法性审查工作；承担重大执法决定法制审核工作；组织协调重大税务案件审理；承担税务行政复议、行政应讼工作；承担本系统税收执法责任制和内部控制工作。
货物和劳务税科
主要职责：组织实施增值税、消费税、车辆购置税等和进出口税收的征收管理工作；对相关税种具体业务问题进行解释和处理；负责增值税发票管理。
企业所得税科
主要职责：组织实施企业所得税征收管理工作；对企业所得税具体业务问题进行解释和处理；承担税收协定执行、居民和非居民跨境税收管理工作以及国际税收征管协作工作；承担外事管理。
个人所得税科
主要职责：组织实施个人所得税征收管理工作；对个人所得税具体业务问题进行解释和处理。
财产和行为税科
主要职责：组织实施房产税、城镇土地使用税、土地增值税、契税、城市维护建设税、印花税、资源税、环境保护税、车船税、耕地占用税和烟叶税等征收管理工作；对相关税种具体业务问题进行解释和处理。
社会保险费和非税收入科
主要职责：组织实施基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费以及文化事业建设费、教育费附加和地方教育附加等有关非税收入的征收管理工作。
收入核算科
主要职责：研究拟订本系统税收、社会保险费和有关非税收入规划；拟订出口退（免）税年度安排，组织落实免抵调库年度安排；组织实施税收收入的预测分析和重点税源监控管理工作。
纳税服务科
主要职责：组织实施纳税服务工作；承担税法宣传、纳税辅导、咨询服务、办税服务和权益保护等工作。
征收管理科
主要职责：组织落实综合性税收征管法律、法规、规章及规范性文件；组织实施税务登记、纳税申报、普通发票管理等日常征管工作；组织实施信息化建设工作。
税收经济分析科
主要职责：组织实施税收经济分析工作；运用税收数据对本地区经济运行情况开展动态监控分析；承担税收政策效应分析工作。
财务管理科
主要职责：贯彻落实本系统预决算管理、基建管理、会计核算管理、财务内控管理和政府采购、资产管理等工作；承担机关财务管理工作。
组织人事科
主要职责：组织实施干部人事制度及人才队伍建设；承担人事、机构编制、干部考核、劳动工资等工作;负责教育培训工作。
考核考评科
主要职责：组织实施绩效管理和数字人事管理工作；承担年度绩效考评工作。
党建工作科
主要职责：统筹和指导系统党群工作，宣传和执行党的路线方针政策，组织和指导系统巡察工作。
机关党委
主要职责：承担机关和派出机构党群工作。
老干部科
主要职责：负责老干部工作。
纪检组
主要职责：承担党的纪律检查工作。
派出机构
第一税务分局（重点税源企业税收服务和管理局）
主要职责：组织实施大企业税收服务和管理工作；承担“千户集团”企业名册管理、数据采集、风险应对工作。
第二税务分局
主要职责：组织落实车辆购置税征收管理规章制度及规范性文件；承担车辆购置税的税源管理、纳税评估、日常检查、纳税服务等工作。
第三税务分局（税收风险管理局）
主要职责：承担信息数据和风险管理的实施工作；承担各类税收数据、社会保险费和有关非税收入数据的集中管理与分析应用等事项。
稽查局
主要职责：组织实施税务稽查法律法规、规章及规范性文件；承担案源管理、税务稽查、社会保险费和有关非税收入检查工作；组织查办督办税收重大违法案件。
第一稽查局
主要职责：承担列名大企业的税务稽查、税收高风险事项应对和协查等工作；负责所辖区域（凉州区、民勤县、古浪县、天祝藏族自治县）内税收、社会保险费和有关非税收入违法案件的查处以及查办案件的执行工作。
事业单位
纳税服务中心（税收宣传中心）
主要职责：承担12366纳税服务热线管理和平台运维工作；承担税收宣传工作。
信息中心
主要职责：负责信息化建设的技术支持保障、税收管理信息系统运行维护、信息安全等工作。
机关服务中心
主要职责：负责机关后勤事务管理、保障和服务工作。